أيّ شقّه فعرف أصله وخفيه وتوسع فيه، وسمي كذلك لبقره العلوم واستنباطه الحكم، وكان عارفاً بالخطرات معرضاً عن الجدال والخصومات.
وقد اعترف بعض معاصريه بمرجعيته العلمية للفقهاء والعلماء وعموم الناس، وفي ذلك قال عبد اللَّه بن عطاء: مارأيت العلماء عند أحدٍ أصغر علماً منهم عند أبي جعفر، لقد رأيت الحكم عنده كأنّه متعلم.
} - Pمختصر تاريخ دمشق {P .٧٩ :٢٣وقال محمّد بن المنكدر: ما رأيت أحداً يفضل على عليّ بن الحسين حتّى رأيت ابنه محمداً أردت ان اعظه فوعظني.
وقد اعترف بهذه المرجعية جمع من الرواة والمحدثين ومن كتبوا في علم الرجال ومنهم:
الذهبي: جمع بين العلم والعمل والسؤدد والشرف والثقة والرزانة، وكان أهلاً للخلافة.
صلاح الدين الصفدي: جمع العلم والفقه والديانة والثقة والسؤدد، وكان يصلح للخلافة.
ابن - حجر الهيثمي: أظهر من مخبآت كنوز المعارف وحقائق الأحكام والحكم واللطائف، مالا يخفى إلّا على منطمس البصيرة أو فاسد الطوية والسريرة.
,واعترف الحاكم الاموي هشام بن عبد الملك بمرجعيته العامة فقال له: يا محمّد لا تزال العرب والعجم تسودها قريش مادام فيهم مثلك.
,وقال المنصور العباسي: لو حدثني أهل الأرض كلهم ماقبلت منهم، ولكنّه محمّد بن عليّ.
وفي الواقع العملي كان مرجعاً للفقهاء والعلماء من بقايا الصحابة والتابعين، فقد روي انّ جابر بن عبد اللَّه الانصاري على شيخوخته كان يأتيه ويتعلم منه ويقول: يا باقر لقد اوتيت الحكم صبياً.
} وقال قتادة فقيه أهل البصرة: لقد جلست بين يدي الفقهاء وأمام ابن عبّاس فما اضطرب قلبي من أي أحد منهم مثل ما اضطرب قلبي منك.
وفي حوار بين الإمام الباقر والإمام ابي حنيفة ذكره الشيخ محمّد ابو زهرة ثم علّق عليه بالقول: ومن هذا نتبيّن امامة الباقر للعلماء، يحاسبهم على مايبدر منهم وكأنّه الرئيس يحاكم مرءوسيه ليحملهم على الجادة، وهم يقبلون طائعين تلك الرئاسة.
وقد حدث عنه جملة من الفقهاء والعلماء ومنهم: ابناؤه، وعطاء بن أبي رباح، وعمرو بن دينار، والزهري، وربيعة الرأي، والاعمش، والاوزاعي، وابن جريح.
وقد روي عنه أخبار المبتدأ، وأخبار الانبياء، وكتب عنه المغازي وآثروا عنه السنن، واعتمدوا عليه في مناسك الحج التي رواها عن رسول اللَّه _٦وكتبوا عنه تفسير القرآن.
وروت عنه الخاصة والعامة الاخبار، وناظر من كان يرد عليه من أهل الاراء، وحفظ عنه الناس كثيراً من علم الكلام.
: وسئل عن الحديث يرسله ولايسنده فقال: إذا حدثت بالحديث فلم أسنده، فسندي فيه ابي زين العابدين عن ابيه الحسين الشهيد عن ابيه علي بن ابي طالب عن رسول اللَّه ٦عن جبرئيل عن اللَّه عزّ وجلّ.
وهو الذي اخبر المنصور بملك الأرض شرقها وغربها وطول مدته، وقال: وليلعبنّ بهذا الملك صبيانكم كما يلعب بالكرة.
وكانت له مواقف حاسمة من أصحاب الضلالة كالزنادقة والغلاة والمجسمة والمفوضة.