وبعد انتهاء الحرب وهدوء الجبهات ,وضعت المنظمة نفسها بخدمة صدام ونظامه.فقد ساندت قوات صدام في التصدي لثوار انتفاضة ١٥ آذار ١٩٩١ وتصدت قوات المنظمة جنبا الى جنب مع الحرس الجمهوري في بغداد والمحافظات الجنوبية وخاصة في محافظة كربلاء, وقتلت العراقيين وهدمت دورهم ومساجدهم وحسينياتهم وأسواقهم ومدارسهم .كما تم نشر قوات المنظمة في محافظة الانبار لموجهة أية حركة معارضه للنظام قد تنشب هناك .لقد صارت المنظمة جزء من اله القمع ألصدامي يرسلها بمهام قذرة .وخدمت المنظمة صداما في مجال الاستخبارات والمعلومات التي كانت تنقلها الى أجهزته القمعية عن العراقيين المعارضين في إيران أو داخل العراق , إضافة الى تزويده بمعلومات عسكرية وأمنية عن إيران والمعارضة المتواجدة على الأراضي الإيرانية.
وإثناء تقدم القوات المحتلة الأميركية باتجاه بغداد كانت قوات المنظمة تدافع عن نظام صدام حتى ان رئيس أركان القوات المسلحة الأمريكية ريتشارد مايرز أعلن في ١٥/٤/٢٠٠٣(ان القوات الأمريكية والبريطانية قصفت قواعد المنظمة في العراق).
منظمة خلق من التأسيس كانت تحمل أفكارا إرهابية ومن هذا المبدأ بدأت الاغتيالات وفي أول عملياتها اغتالت عددا كبير من قادة الحركات الإسلامية في العراق وإيران ودول أخرى،و منافقي خلق وقفوا أمام الإسلام وتيار الثورة الإسلامية في عموم العالم وهذا بسبب أفكارهم الممزوجة بين الإسلام والماركسية . جروا السلاح على الشعب وانشغلوا بقتل الناس ولكن فشلت خطتهم بسبب وعي الشعب. المنظمة أجبرت بالهروب الى البلدان الأجنبية واستقرت في فرنسا ومن هناك شكلت فرق الموت في إيران.أثناء وجودهم هناك في فرنسا دعاهم صدام للإقامة في العراق وأصبحوا بشكل رسمي جزءا من جيش صدام.حينما كان صدام منشغلا بالحرب ضد الشعب الإيراني , المنظمة عملت كقوات عسكرية صداميه وهذا بسبب كراهية الشعب العراقي لهم واعتبروهم قتلة الشعب العراقي ،وما تزال المنظمة تعد من المنظمات الإرهابية والمصنفة كذلك وتمارس دورها التخريبي ضد الشعوب و بالأخص العراقيين،وكيف لا وهي من إذاقة الأبرياء أبشع أنواع الاعتداء،لينطبق عليهم المثل الشعبي العراقي(نزل ويدبج على السطح)..