ونال درجة الاجتهاد أوائل شبابه من اية الله العظمى الشيخ مرتضى آل ياسين في علوم الفقه وأُصوله وعلوم القرآن ، وذلك عام ١٣٨٤هجرية ,والشيخ مرتضى خال الشهيدين الصدريين, ودرس دراسة الكفاية، وجزء من المكاسب و خارج الفقه والأصول عند الشهيد السعيد الامام السيد محمد باقر الصدر (قدّس سرّه) وكذلك حضر دروس خارج الفقه والأصول لدى كبار المجتهدين أمثال آية الله العظمى الامام السيد أبو القاسم الخوئي , فكان زملاؤه في الدراسة كل من حجة الإسلام السيد نور الدين الاشكوري، والسيد فخر الدين العاملي الموسوي، والسيد طالب الرفاعي.
ووافق السيّد محمّد باقر الصدر على انتخابه عام ١٣٨٥ هـ ليكون أستاذاً في كلّية أُصول الدين في علوم القرآن و الشريعة ، و الفقه المقارن.
وراجع أضخم كتابين للمفكر الاسلامي الامام الشهيد السيد محمد باقر الصدر (رض), وقد اشار الامام الشهيد الصدر (قدس سرة) الى هذا الموضوع في مقدمة كتاب فلسفتنا واقتصادنا فوصفه بـ (العضد المفدى).
وفي زمن والده الامام السيد محسن الطباطبائي الحكيم كانت حرب ضد الوجود الاسلامي وكان شهيد المحراب السيد محمد باقر الحكيم له دوره الفعال الى جانب والده واستاذه وصديقة الامام السيد محمد باقرالصدر , وكان السيد محمد باقر الصدر يدعم ويؤيد مرجعية اية الله العظمى السيد محسن الحكيم (رض) ,ففي عام ١٩٦٩ حارب البعث الكافر و فضح السلطة وأقام اجتماعات جماهيرية تدعوا للدفاع عن المرجعية ولم يكتفي بهذا العمل بل سافر الى دول اخرى لتحشيد الجماهير ولصق الجداريات وحملة اعلامية لتأييد المرجعية في عصره والدفاع عنها ولسماحته فتوى واضحة لتأييد المرجعية فقد أصدر(قدس الله نفسه الشريفة) فتوى قاطعة بتحريم ارتباط طلبة العلوم الدينية بأية قيادة أخرى غير قيادة المرجعية الدينية، وتحريم انتمائهم إلى كتلة وكيان تنظيمي غير الكيان الحوزوي الذي يرتبط بالمرجعية الدينية وبباقي الفقهاء والعلماء .
والسيد شهيد المحراب عاش عقدين ونصف مع السيد الشهيد محمد باقر الصدر (قدّس سرّه) وعاش معه كل التحولات التي شهدها العراق وشاركه في العطاءات الفكرية و الانجازات و والمشاريع الاجتماعية والسياسية .
ويعتبر معاصر لاربعة مرجعيات مرجعية والده الامام السيد محسن ومرجعية الامام السيد محمد باقر الصدر ومرجعية الامام السيد ابو القاسم الخوئي اضافة لدعمه لمرجعية الامام السيد الخميني ووصفه بـ الابن الشجاع للاسلام ,وكان منسق بين السيد محمد باقر الصدر والسيد ابو القاسم الخوئي .