تسلم الحكيم المرجعية العليا بالنجف الاشرف, بعد وفاة المرجع حسين البر وجردي، وأخذ بوضع نظام إداري للحوزة, وشرع ببناء المدارس وإرسال المبلغين إلى نقاط العراق المختلفة بغية منة ترسيخ الروح الوطنية, ووحدة المسلمين في تحديد المصير من اي تدخل اجنبي يتعرض البلاد له.
وتميز الحكيم منذو شبابه بروح الوطنية اتجاه العراق والمسؤولية الشرعية والاخلاقية اتجاه القوميات الاخرى والشعوب الاسلامية, وكان رافضا للظالمين واعداء الدين, وقد شارك بنفسه في التصدي للاحتلال البريطاني الغاشم للعراق, حيث كان مسؤولا عن المجموعة المجاهدة في منطقة الشعيبة ومناطق اخرى من البلاد.
وبذل قصارى جهوده في سبيل جمع شمل المسلمين من المذاهب المختلفة, ومشاركتهم مناسباتهم ,وقاوم كل اشكال التعصب والتمييز الطائفي والعرقي في العراق, وخير شاهد على ذلك اصداره الفتوى المعروفة بحرمة مقاتلة الاكراد في شمال العراق, لانهم مسلمون, تجمعهم مع العرب روابط الاخوة والدين والوطن الواحد الذي نحيا ونموت فيه.
وقد سار على نهج الامام محسن الحكيم ولده محمد باقر, مؤسس المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق والتي تعد من قوى المعارضة العراقية التي عملت ضد النظام العراقي السابق, وابدى اهتماماً مبكراً بأحوال المسلمين وأوضاعهم، فكان يقوم بالنشاطات الاجتماعية ويزور المدن ويلتقي بالجماهير ويمارس دوره في التبليغ والتوعية، وتحمل مسؤولية البعثة الدينية إلى الحج , ومن النشاطات الدينية والرسمية، فقد حضر كممثل عن والده في المؤتمر الإسلامي المنعقد بمكة المكرمة سنة ١٩٦٥ م، وكذلك في المؤتمر الإسلامي المنعقد بعمّان بعد نكسة حزيران ١٩٦٧ م.
وأثناء تصاعد المواجهة بين محمد باقر الحكيم وبين النظام الحاكم آنذاك في بغداد وخلو الساحة من أغلب المتصديين بسبب السجن والمطاردة ، هاجر من العراق بعد وفاة آية الله السيد محمد باقر الصدر في أوائل شهر نيسان عام ١٩٨٠ م، وذلك في تموز من السنة نفسها. قبل أشهر من اندلاع الحرب العراقية الإيرانية .
عاد للعراق١٠-٥-٢٠٠٣ وقد حظي باستقبال الفاتحين لم يسبق له نظير, ورغم كثرة مشاغله كان يدعوا إلى مقاومة سلمية للاحتلال وكان لا يحبذ المقاومة المسلحة لأنه كان يرى ان الشعب منهك من ظلم صدام ولذا يجب استخدام طرق أخرى واذا لم تأتي بنتيجة سيكون هناك كلام .
وقد ادانه الهجوم الارهابي من قبل القاعدة , في صلاة الجمعة على مقر الأمم المتحدة ,وقتل مبعوثها في العراق "سيرجيو دي ميللو, وبعد ادانه لهذا العمل الاجرامي من قبل القاعدة .
في يوم الجمعة الأول من رجب ١٤٢٤ هـ اغتيل بانفجار سيارة مفخخة وضعت قرب سيارته بعد خروجه من الصحن الحيدري بعد أداء صلاة الجمعة.
عبد العزيز الحكيم من مواليد ١٩٥٠ تصدى لرئاسة المجلس بعد استشهاد اخيه ,وكان من ابر القيادات المعارضة قبل عودته للعراق, وشغل عدة مناصب ومنها رئيس التحالف الوطني ورئيس للمجلس الحكم, وكان بوابة الامان لجميع الكتل السياسية, توفي بتاريخ ٢٦ أغسطس ٢٠٠٩ .
انتخب عمار الحكيم لرئاسة المجلس الاعلى الاسلامي, بعد رحيل والدة عام ٢٠٠٩م, وكانت خطاباته تنبع من القلبه وتصب في قلوب الشعب المحبه له، وأضاف على قلوبهم بردا وسلاما وعلى قلوب من أرادوا لهذا البلد السوء نارا وسعيرا. الشعب اعلن له الحب والطاعة, وهو دليل على ما يحمله من محبة ووطنية للعراق وشعبه وحرصه على معالجة الامور في مصلحة الوطن والمواطن.
انت حكيم امتزجت الحكمة من جدك وعمك ابيك فأصبحت عمارا لهذا الوطن , وخادما لشعب احب منهجية ال الحكيم , فقد ناديت بفتوى جدك وحكمة عمك وصبر ابيك ,ودعوت وناديت للحوار ياشركاء الوطن ,وعلى بساط الحكيم تزول العقبات والازمات والخلافات, يمثل الحكيم الوسطية والانفتاح واحترام جميع الاطياف في الوطن.
مبادرته تطرق الابواب وتسمع الجواب , نعم للحوار نعم لكل الاطراف تحت خيمة وحدة العراق والانسجام وحلحلة الازمات ومشاركة كل الاطياف, فقد باركه العقلاء بمبادرة الحكيم من شمالة و جنوبه وشرقة وغربة وجميع مكوناته واطيافه ,وبعمار وحكمته وهمت العقلاء ترجع البسمة لكل العراق , فالكل تنظر لك ياصاحب المبادرة والمبادرات التي تخدم البلد والمواطن.......................جواد البغدادي
الحكيم امل العراق
