إن القرآن الحكيم لا يفرض على الإنسان حتميات ومسلمات علمية في شؤون الحياة بل يوجه الإنسان للتأمل والتفكير والنظر راسما له منهجية التفكير السليم، والنظرة العلمية الموضوعية حتى لا يقع فكر الإنسان تحت تأثير الضغوط والشهوات. وقد كان بعض المعاصرين لنزول القرآن الحكيم يتوقعون منه الإجابة على تساؤلاتهم العلمية والحياتية لكن الخالق سبحانه كان يريد منهم إعمال عقولهم وإستخدام أفكارهم دون الإعتماد على إجابات جاهزة تأتيهم من السماء لذلك نلاحظ إعراض الوحي عن الإجابة على العديد من التساؤلات، كسؤالهم عن الروح، يقول تعالى: ﴿وَيَسْأَلُونَكَ عَنِ الرُّوحِ قُلِ الرُّوحُ مِنْ أَمْرِ رَبِّي وَمَا أُوتِيتُم مِّن الْعِلْمِ إِلاَّ قَلِيلاً﴾ وكإمتناع الوحي عن البت في مسألة عدد أهل الكهف وهي مسألة ترتبط بالتاريخ وعلم الآثار يقول تعالى: ﴿سَيَقُولُونَ ثَلَاثَةٌ رَّابِعُهُمْ كَلْبُهُمْ وَيَقُولُونَ خَمْسَةٌ سَادِسُهُمْ كَلْبُهُمْ رَجْمًا بِالْغَيْبِ وَيَقُولُونَ سَبْعَةٌ وَثَامِنُهُمْ كَلْبُهُمْ قُل رَّبِّي أَعْلَمُ بِعِدَّتِهِم مَّا يَعْلَمُهُمْ إِلَّا قَلِيلٌ فَلَا تُمَارِ فِيهِمْ إِلَّا مِرَاء ظَاهِرًا وَلَا تَسْتَفْتِ فِيهِم مِّنْهُمْ أَحَدًا﴾. والملفت للنظر أن فهم آيات القرآن وتفسيرها هي وظيفة عقل الإنسان وفكره، حيث لم يفرض الإسلام إلى جانب القرآن تفسيرا منصوصاً محددا يلزم به كل مسلم، بل دعا الناس إلى استخدام عقولهم في تفهم القران وتدبر آياته: يقول تعالى: ﴿كِتَابٌ أَنزَلْنَاهُ إِلَيْكَ مُبَارَكٌ لِّيَدَّبَّرُوا آيَاتِهِ وَلِيَتَذَكَّرَ أُوْلُوا الْأَلْبَابِ﴾ ﴿أَفَلاَ يَتَدَبَّرُونَ الْقُرْآنَ وَلَوْ كَانَ مِنْ عِندِ غَيْرِ اللّهِ لَوَجَدُواْ فِيهِ اخْتِلاَفًا كَثِيرًا﴾ ويشير الإمام علي بن موسى الرضا عليه السلام إلى أن كل جيل ومجتمع يمكنه أن يستفيد فهما جديدا من القران الكريم فيقول حينما سأله رجل: ما بال القران لا يزداد على النشر والدرس إلا غضاضة؟ أجاب عليه السلام: "لأن الله تبارك وتعالى لم يجعله لزمان دون زمان، ولا لناس دون ناس فهو في كل زمان جديد، وعند كل قوم غض إلى يوم القيامة". أما إذا أشكل على الإنسان شيء في فهمه لآية من القران الحكيم أو تشابهت عليه معاني الآيات، فعليه أن يرجع إلى الراسخين في العلم ويسأل أهل الذكر(فاسألوا أهل الذكر إن كنتم لا تعلمون). ونتيجة للحرية الفكرية التي أرساها الإسلام في مجتمعه تعددت المدارس العقائدية والمذاهب الفقهية ونبغ علماء الطبيعة والمخترعون والمكتشفون فإعمال الفكر مطلوب في الإسلام ينال صاحبه عليه الثواب حتى وإن لم يوفق للصواب شرط صحة المنهج فالمجتهد إذا أصاب له أجران وإذا أخطأ له أجر واحد كما هو مفاد الحديث الشريف. ولكي تعطي حرية الفكر نتائجها الإيجابية في تقدم مسيرة المجتمع لابد من معالجة بعض السلبيات والأمراض التي قد ترافقها، ومن أبرزها ما قد تجر إليه هذه الحرية من تفرق وصراع. وهنا لا بد من مبادئ أخلاقية وتعاليم تربوية تجعل العقول منفتحة والصدور متسعة لاختلاف الرأي وتعدد وجهات النظر، وهذا ما صنعه الإسلام بالتأكيد على مبدأ التسامح واحترام الرأي فليس في الإسلام محاكم للتفتيش، ولا يحق لأحد أن يمارس دور الوصاية والرقابة على أفكار الناس ونواياهم ومشاعرهم، والانتماء إلى الإسلام والعضوية في مجتمعه لا تحتاج إلى شهادة أو قبول من أحد، وبذلك لا يمتلك أحد حق الحكم بطرد أحد من إطار الإسلام ما دام يعلن قبوله بالإسلام حتى لا تتكرر مآسي التكفير والاتهام بالزندقة والمروق. إن التكفير والاتهام بالزندقة هو مظهر للإرهاب الفكري حيث يدعي البعض لنفسه أن الإسلام ينحصر فيما يراه ويفهمه هو: وان من يخالفه في ذلك الفهم أو الرأي والمذهب فهو كافر لا مكان له في أجواء الإسلام ومجتمعه. وعن الإمام علي عليه السلام " إذا قال المؤمن لأخيه: أف انقطع ما بينهما فإذا قال له: أنت كافر كفر أحدهما، وإذا اتهمه إنماث الإسلام في قلبه كما يماث الملح في الماء"وعن أبي جعفر الإمام الباقر عليه السلام: "ما شهد رجل على رجل بكفر قط إلا باء به أحدهما، إن كان شهد على كافر صدق، وإن كان مؤمنا رجح الكفر عليه فإياكم والطعن على المؤمنين " .