ولد ايمن الظواهري في مصر في حزيران (يونيو) ١٩٥١ في عائلة مصرية ميسورة، وقد ترأس تنظيم الجهاد المحظور في مصر قبل ان ينتقل الى السعودية ثم الى باكستان وافغانستان حيث التحق ببن لادن.
ونال شهادة في الطب من جامعة القاهرة عام ١٩٧٤ قبل ان ينضم الى منظمة "الجهاد" المتطرفة التي اصبح زعيمها في ما بعد وقد امضى ثلاث سنوات في السجن بتهمة الضلوع في اغتيال الرئيس المصري انور السادات عام ١٩٨١ الذي اتهمت منظمة "الجهاد" بالضلوع فيه.