وقال المالكي في حديث لقناة العراقية شبه الرسمية "أنا لماذا لا اعرف شيئا عن كردستان وهناك الكثير من المشاكل مع كردستان لابد من طرحها في الاجتماع الوطني وعدم السكوت عنها"، موضحا أن من اهم تلك المشاكل "العقود النفطية التي تجرى في إقليم كردستان وموضوع تهريب النفط الذي اصبح حقيقة".
وأضاف المالكي أن "الاقليم يكسب نحو خمس مليارات وستمائة مليون دولار من تسليم المنتوج النفطي محليا على حساب المحافظات الأخرى"، وشدد على أن "للإقليم ١٧% من الموازنة العامة وليس من العدل أن تذهب إليه أموال أخرى".
ولفت المالكي إلى أن هناك مشاكل اخرى مع الاقليم تتعلق بالمنافذ الحدودية، وأوضح "تدخل وتخرج منها بضائع وليس للحكومة الاتحادية أو وزارة المالية أو الجمارك أو الداخلية سيطرة عليها، وكذلك المطارات في كردستان"، مشدد بالقول "لانعرف ماذا يدخل وماذا يخرج، نريد فرض رقابة على حركة الطيران ودخولها وخروجها".
واتهم المالكي الكرد بالتوسع داخل المناطق المتنازع عليها في محافظتي كركوك ونينوى، وأكد أن "حدود إقليم كردستان الآن ليست كما أقرها مجلس الحكم يوم سقوط النظام في ٩ نيسان"، مبينا أن "قوات البيشمركة اندفعت في أراضي كركوك والموصل، ولا تسمح حتى للجيش العراقي او الشرطة بالدخول".
وتنص الفقرة الاولى من المادة ١١٧ من الدستور العراقي على اقرار اقليم كردستان العراق وسلطاته اقليما اتحاديا،كما نصت المادة ١٤٠ من الدستور على انجاز التطبيع والاحصاء واجراء استفتاء في كركوك وباقي المناطق المتنازع عليها بحلول نهاية العام ٢٠٠٧ ألا أنه لم يشر بشكل واضح الى حدود اقليم كردستان أو تبعية بعض المناطق المتنازع عليها.
وكانت حدود اقليم كردستان العراق قبيل سقوط نظام صدام حسين محددة مع محافظات ديالى وكركوك ونينوى وبعد السقوط سيطرت قوات البيشمركة الكردية على العديد من المناطق في هذه المحافظات إضافة إلى السيطرة على مدينة كركوك بشكل شبه كامل والتي لا يوجد فيها حاليا أي قوات للجيش العراقي سوى في بعض الثكنات الواقعة في اطراف محافظة كركوك الجنوبية من جهة الطريق المؤدي الى العاصمة بغداد.
كما سيطرت البيشمركة على ١٦ وحدة ادارية في نينوى تمثل مناطق سهل نينوى، فضلا عن قضاء خانقين وغيره من المناطق القريبة منه في محافظة ديالى.
وعلى الرغم من وجود تنسيق بين وزارتي الدفاع العراقية ووزارة البيشمركة بشأن الادارة الامنية في المناطق المتنازع عليها الا ان ذكل لم يمنع قوات الجيش العراقي والبيشمركة من الاشتباك، كما حصل في ناحية قرتبه في العام ٢٠١٠ التابعة لمحافظة ديالى، وقبلها الاشتباكات في (٨ ايلول ٢٠٠٨) التي اندلعت بين اللواء الرابع من الفرقة الاولى للجيش العراقي وقوات البيشمركة في قضاء خانقين بعد أن منعت قوات البيشمركة وحدات من الجيش العراقي من الدخول الى القضاء مما تسبب بأزمة سياسية كبيرة انذاك بين الحكومة الاتحادية وحكومة اقليم كردستان، خصوصا بعد مطالبة الحكومة الاتحادية لقوات البيشمركة بالانسحاب وإحلال قوات من وزارة الدفاع العراقية محلها.